Zu Weihmörting (auch Oberweihmörting genannt, im Gegensatz zu Unterweihmörting in der Pfarrei Sulzbach) dürfte wohl schon im 8. Jahrhundert eine der älteste Kirchen der Gegend gestanden haben. J. Windhager erachtet die St.-Martins-Pfarrei Weihmörting als "Urpfarrei", wo schon 731 eine Kirche bezeugt ist.

Er schreibt:
"Fest steht, daß sich die Pfarrei von der Westgrenze der heutigen Pfarrei Bayerbach, bis an den Inn erstreckte. Würding und Aigen am Inn, das später im Pfarrverbund mit Würding stand, gehören ehedem zur Pfarrei Weihmörting. Daß die St.-Martins-Pfarrei Kirchham, wo 779 eine St.-Valentins-Kirche bezeugt ist, ehedem gleichfalls zu Weihmörting gehörte und von der Mutterkirche später den Kirchenpatron St. Martin übernahm, ist sehr naheliegend. Für Rotthalmünster und Kößlarn - Asbach gehörte zweifelsohne zu Weihmörting - haben wir wohl auch Weihmörting als ursprüngliche Mutterpfarrei anzusehen. Das heutige Dekanat Aigen dürfte, wenigstens mit seinem weitaus größtem Teile, mit dem Umfang der uranfänglichen Pfarrei Weihmörting zusammenfallen."

Weihmörting ist eine alte, urkundlich schon 1140 bezeugte Säkularpfarrei, auf die den Bischöfen von Regensburg das Patronats- und Präsentationsrecht zustand, bis dieses im Jahre 1194 Bischof Konrad von Regensburg an das Kloster Mondsee abtrat. Kurz darauf kam das Patronatsrecht an die Grafen von Ortenburg, ehe Pfalzgraf Rapoto III. im Jahre 1215, zu Gunsten des Klosters Mondsee, endgültig verzichtete. 1605 schenkte Abt Christoph von Mondsee das Patronats- und Präsentationsrecht an die Pfarrei Oberweihmörting und deren Filialen in Würding und Bayerbach, dem Domkapitel Passau.

Die heutige Kirche stammt in ihren älteren Teilen (Chor, Mittelschiff, Langhaus und Turm) wohl aus dem 14. Jahrhundert, wie hauptsächlich Chorgewölbe und Stilmerkmale des Turmes vermuten lassen. Das Gewölbe des Mittelschiffes ist spätgotisch und dürfte, wie das 6. Turmgeschoß, im ausgehenden 15. oder frühen 16. Jahrhundert entstanden sein. 1852 wurde die Kirche verlängert, durch den Anbau von zwei Seitenschiffen erweitert. Das Kirchenpflaster wurde höhergelegt. 1861 wurde der Turm nochmals erhöht.

Weihmörting war aber auch Edelsitz mit Schloß. Es enthielt seinen Namen von einem Edlen, mit dem ahd. Personennamen Wichmar =der Starkberühmte. Es kann aber auch bedeuten: "Dem St. Martin geweiht", doch darf der ersten Deutung der Vorzug gegeben werden. Ansässig waren die Edlen in "Wimertingen" ("Wichmarting", "Wihenmertingen", "Weichmertingen", "Wuidmarting", "Wihemartingen", "Wichmartingen"), die besonders häufig in Urkunden der Klöster Asbach, Vornbach, Niederaltaich und Reichenbach aus dem 12. Jahrhundert nachweisbar sind. Von einem Schloß ist nichts mehr vorhanden. Das Geschlecht dürfte 1192 durch die ortenburgische/bogensche Fehde ausgetilgt worden sein.

Da weitere Hofmark-Inhaber nicht bekannt sind, ist anzunehmen, daß der Besitz an die Wittelsbacher fiel, die an dem Weiterbestehen des adeligen Gutes kein Interesse hatten. Diese hatten den pfalzgräflichen Besitz in seiner Gesamtheit gekauft und dürften die schwachen Rechte Mondsees unbeachtet gelassen haben.

Heute gehört Weihmörting zur Marktgemeinde Rotthalmünster.